4,6-二氯嘧啶常用作有机合成中的基础原料,是合成其他化合物的重要中间体,用于合成磺胺-6-甲氧嘧啶、甲氧基丙烯酸酯类杀菌剂嘧菌酯等;4,6-二氯嘧啶也可用作基因工程中的底物和DNA甲基化研究中的碱基。
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